O Hospital Universitário Prof. Polydoro Ernani de São Thiago (HU/UFSC) foi fundado em 1980 e atende exclusivamente usuários do Sistema Único de Saúde, o SUS. É um Hospital de referência no estado, além de ser o único Hospital Federal do Estado de Santa Catarina.

O HU/UFSC conta com um Corpo Clínico Multidisciplinar qualificado, para assegurar um excelente atendimento a todos nas diversas especialidades da medicina, tanto em nível ambulatorial quanto Hospitalar. Entre elas estão: Acupuntura, Cabeça e Pescoço, Cardiologia, Cirurgia Plástica, Cirurgia Geral, Endocrinologia, Proctologia, Dermatologia, Gastroenterologia, Hematologia, Nefrologia, Hemoterapia, Ginecologia, Obstetrícia, Mastologia, Neurologia, Oftalmologia, Oncologia, Ortopedia e Traumatologia, Otorrinolaringologia, Pediatria, Pneumologia, Reumatologia, Urologia, Vídeo-Cirurgias, Cirurgia Vascular e Cirurgia Torácica. Também dispõe de Serviço de Odontologia Hospitalar, incluindo cirurgia Buco Maxilo Facial.

O Hospital Universitário conta ainda com atendimento emergencial nas áreas pediátrica, ginecológica-obstétrica e adulto, um ambulatório de especialidades, uma maternidade e serviços de média e alta complexidade. O serviço de emergência busca responder à Política Nacional de Humanização das Urgências e Emergências, iniciando no ano de 2007 o acolhimento com avaliação e classificação de risco, buscando dar agilidade ao atendimento das urgências e procurando uma maior integração com a rede básica de saúde.

O Hospital participa dos programas de Telessaúde e Telemedicina. O Programa de telemedicina foi desenvolvido em 2005 na própria Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) em parceria com o Governo do Estado de Santa Catarina. No ano de 2010 os projetos Telessaúde e Sistema Catarinense de Telemedicina se integraram, formando o Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde. Essa união se dá com o objetivo de ampliar os serviços de saúde e de educação na saúde à distância para todo o estado de Santa Catarina.

Em março de 2016 a Universidade Federal de Santa Catarina assinou contrato com a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh). A partir da assinatura deste contrato o HU/UFSC passou a ser administrado em uma ação em conjunta entre a universidade e a Ebserh. O principal objetivo da entrada da empresa é a recuperação da infraestrutura física e tecnológica, assim como a recomposição do quadro de profissionais.