Em 1957 com a criação da Nova Capital, foi planejado, organicamente, o sistema de saúde de Brasília. A assistência médica seria oferecida por um Hospital de Base, Hospitais Distritais, Hospitais Rurais, Unidades Satélites e Colônia Hospitalar. O Hospital Distrital objetivava dispensar assistência de rotina médica, cirúrgica e obstétrica, além de incorporar atividades de emergência, serviços de ambulatório e medicina preventiva. O Hospital Distrital seria o fulcro do sistema, pois nele estariam concentradas todas as especialidades e equipamentos de alta precisão, facilitando, pela concentração de especialistas e respectivos meios, uma assistência de alto padrão.

Com essa visão, inaugura-se, em 12 de setembro de 1960, o Primeiro Hospital Distrital de Brasília-HDB.

Com o excelente serviço prestado, tornou-se centro de referência para as Regiões Centro-Oeste, Norte e Nordeste, quer em atendimento médico quer em ensino. Recebeu, nesse mesmo ano, sua primeira turma de médicos residentes oriundos de vários estados do Brasil.

Em 1976, o HDB assume o papel de Hospital de Base previsto no plano original, fruto do atendimento especializado e de qualidade que prestava à população, passando a denominar-se Hospital de Base do Distrito Federal. Em 1978, implanta-se a proposta de hierarquização da atenção a saúde em vigor até hoje. O HBDF passa a atender patologias de alta complexidade (Terciárias); os Hospitais, agora Regionais e não mais Rurais, patologias de média complexidade (Secundárias), e os Centros de Saúde, criados a partir dessa proposta, seriam responsáveis pela atenção primária.

Hoje, o HBDF atende toda a população do DF, entorno e estados circunvizinhos para procedimentos de alta complexidade. Recebe anualmente egressos de cursos de medicina pleiteando vagas nos Programas de Residência Médica bem como estudantes solicitando campo de estágio para internato médico. Atende, como campo de estágio, vários convênios da Secretaria de Saúde com Instituições de Ensino Superior e Médio recebendo em suas dependências estudantes de cursos de medicina, enfermagem, nutrição, fisioterapia, odontologia e psicologia