A história do HC está intimamente ligada à Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp, autorizada a funcionar em 1963 e a 5ª faculdade pública do Estado. Provisoriamente, permaneceu instalada nas dependências da Maternidade de Campinas até 1966.

Com a expansão da universidade no início dos anos 70, ficou definido a construção do Hospital das Clínicas da Unicamp e em 1975 é lançada a pedra fundamental do Hospital.
Com o passar dos anos, a estrutura proposta adquiriu uma forma mais complexa. A planta do Hospital, que tem uma área de 56 mil metros quadrados, sofreu uma série de modificações, no sentido de adequar-se às novas necessidades originadas por uma demanda crescente, e à própria diversificação de atividades de ensino e pesquisa da Faculdade de Ciências Médicas.

A partir  2004 a Unicamp iniciou a implantação de um plano para readequar o Hospital de Clínicas (HC) à sua verdadeira vocação junto ao Ministério da Saúde, que é a de Hospital terciário. A proposta, amplamente discutida com todos segmentos internos e externos de usuários do Hospital, estabeleceu, entre outras medidas, a reorganização do atendimento no pronto-socorro – referenciamento –  e nos ambulatórios, que passaram a dar prioridade aos casos referenciados de maior complexidade.

Quase três décadas depois de instalado no campus da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), o Hospital de Clínicas continua sendo um dos pilares de excelência da saúde pública do Estado de São Paulo. Considerado um dos maiores hospitais universitários do país e um centro de referência nacional – terciário e quaternário -, o Hospital de Clínicas da Unicamp já atendeu mais de 7 milhões de pacientes desde 1985.

Sua capilaridade assistencial de alta complexidade é referência para o município de Campinas e para a macrorregião de 86 municípios, com cerca de 6,5 milhões de habitantes. Ao longo de sua história, o HC da Unicamp estruturou serviços e procedimentos que se tornaram referência nacional para outras instituições públicas e privadas da área da Saúde.
Contudo, pacientes de quase todos municípios de São Paulo e vários estados são atendidos nos ambulatórios do Hospital, em praticamente todas as especialidades (44) e subespecialidades clínicas e cirúrgicas, inclusive as mais raras e complexas. Levantamentos do Hospital demonstram que os estados que mais utilizaram os serviços nesse período foram MG, PR, BA, RJ, e MT.

Em 2011, O HC da Unicamp foi o Hospital no Estado de São Paulo que mais realizou transplantes cardíacos em adultos. Nessa área de alta complexidade, o HC vem conseguindo excelentes resultados. Em Neurocirurgias, a instituição é uma das poucas no país que realizam cirurgias de epilepsia, cirurgias para ressecção (extração) de tumor cerebral com paciente acordado e cirurgias oncológicas.

No ano de 2016, equipes da Neurocirurgia e da cirurgia plástica realizaram a 1ª reconstrução crânio-facial da América Latina com uso de titânio prototipado pela Unicamp.
Como Hospital universitário, o HC da Unicamp também tem um tripé de obrigações acadêmicas: ensino, pesquisa e extensão. Circulam pelo Hospital alunos de graduação, médicos residentes, bem como mais da metade dos pós-graduandos da Faculdade de Ciências Médicas da Universidade.

Missão
Ser um Hospital de referência e excelência, prestando assistência complexa e hierarquizada, formando e qualificando recursos humanos, produzindo conhecimento, atuando no sistema de saúde e valorizando os princípios de humanização com racionalização de recursos e otimização de resultados.

O Hospital de Clínicas da Unicamp tem como objetivo a promoção do ensino, da pesquisa e da assistência servindo de campo de ensino e treinamento a residentes e estudantes dos cursos de graduação e pós-graduação de medicina e enfermagem da FCM/UNICAMP e de outras instituições.

Cabe ao HC da Unicamp prestar assistência médico-Hospitalar universal, como referência; proporcionar meios para o desenvolvimento da pesquisa científica e colaborar para o exercício da medicina preventiva e educação sanitária da comunidade.

Nestes objetivos integram-se o corpo técnico-administrativo do HC e os vários departamentos da FCM/Unicamp, que corroboram para que os objetivos de ensino, integrados aos de assistência e pesquisa estimulem a investigação necessária em busca de novas formas de diagnósticos, tratamento e prevenção das doenças, bem como o bem-estar do paciente.